В двадцатых числах апреля лаборатория ПЦР ГК Алкор Био методом in silico провела анализ возможного влияния мутаций в геноме нового варианта штамма Omicron Arctur вируса SARS-CoV-2 на работу наборов реагентов «Интифика SARS-CoV-2» (с тремя мишенями) и«SARS-CoV-2-mono» (с одной мишенью), выпущенных компанией в 2020 году. Полученные данные показали, что оба ПЦР набора могут детектировать РНК варианта XBB.1.16 Arctur коронавируса нового типа. Ранее тест-системы Алкор Био успешно прошли проверку на все известные штаммы SARS-CoV-2, циркулирующие в настоящее время на территории всех континентов и объявленных ВОЗ как потенциально опасные.

Руководитель лаборатории ПЦР ГК Алкор Био Анастасия Лисок:

«В своей работе мы использовали открытые данные по нуклеотидным последовательностям геномов новых штаммов коронавируса, и методами компьютерного анализа in silico сравнили их с нуклеотидными последовательностями участков-мишеней для определения коронавируса, которые используются в наших наборах. Анализ показал, что мутации новых штаммов не затрагивают эти мишени».

Для анализа in silico были использованы геномные последовательности штаммов вируса SARS-CoV-2, определённых Всемирной организацией здравоохранения (ВОЗ) как варианты, вызывающие обеспокоенность, и которым были присвоены буквы греческого алфавита в качестве обозначения того или иного штамма вируса.

Ранее было показано, что мутации значимых штаммов коронавируса нового типа Alpha, Beta, Gamma, Delta, Epsilon, Zeta, Eta, Theta, Iota, Kappa, Lambda, Mu не влияют на работу набора реагентов «Интифика SARS-CoV-2». Дополнительно был проведен анализ геномных последовательностей наиболее распространенного на сегодняшний день штамма Omicron, которые были загружены из базы данных GISAID. В таблице 1 представлены обозначения и количество проанализированных геномных последовательностей субтипов штамма Omicron.

Список проанализированных субтипов штамма Омикрон коронавируса SARS-CoV-2              

Таблица 1

Анализ in silico проводился путём выравнивания геномных последовательностей каждого из штаммов коронавируса нового типа между собой и относительно референсной последовательности вируса SARS-CoV-2, взятой из базы данных NCBI (NC_045512.2 Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 isolate Wuhan-Hu-1, complete genome), а также относительно последовательностей специфичных мишеней, используемых в наборе реагентов серии Интифика для выявления РНК коронавируса.

Анализ показал отсутствие геномных мутаций, характерных для каждого рассмотренного штамма коронавируса SARS-CoV-2, в регионах связывания мишеней-специфических праймеров и зондов наборов реагентов производства ООО «Компания Алкор Био» для выявления РНК SARS-CoV-2.

Таким образом, наборы реагентов «Интифика SARS-CoV-2» и «Интифика SARS-CoV-2-mono» будут детектировать РНК штаммов коронавируса нового типа, циркулирующих в настоящее время на территории всех континентов и объявленных ВОЗ как потенциально опасные.